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Analyse des données de « génomes skimming » à large échelle taxinomique (données PhyloAlps) pour l’étude de la dynamique d’évolution des génomes

Mehdi KEFKI, LECA, oct. 2017 - oct. 2020

par Chargé(e) de communication - 11 avril 2018

Doctorant : Mehdi KEFKI, LECA, oct. 2017 - oct. 2020
Direction : Eric Coissac (LECA), Christelle Melo de Lima (UGA-LECA), Inger Alsos (Tromsø university)
Financement : 50% LabEx
Ecole Doctorale : CSV (Chimie et Sciences du Vivant)

Résumé

Ce projet de doctorat propose d’utiliser un ensemble de données sans précédent d’environ 8 000 séquences génomiques à faible couverture correspondant à chaque espèce florales alpines et Arctico-boréales afin d’étudier l’impact des éléments transposables (TE) sur la dynamique évolutive des génomes en relation avec la capacité d’adaptation des plantes à des conditions environnementales extrêmes et donc potentiellement aux changements climatiques. L’impact des TE est ici évalué en comparant leur diversité et leur abondance entre plusieurs groupes sœurs des Alpes et du cercle Arctico-Boréal. Les résultats seront mis en relation avec la phylogénie et les caractéristiques écologiques des plantes afin de vérifier si certaines des propriétés observées peuvent être associées à des clades spécifiques, des environnements ou des traits d’histoire de vie. Le doctorat sera co-supervisé en collaboration avec l’Université de Tromsø et le Musée d’histoire naturelle.


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